Si tenéis instalado algún plugin añadido de configserver en vuestro whm, podéis desactivar las actualizaciones de la siguiente forma:
Método 1
Editar este fichero
nano /etc/csf/csf.conf
y dentro buscar AUTO_UPDATES = «1»
y cambiar por AUTO_UPDATES = «0»
Método 2
Eliminar estos ficheros de cron
rm -v /etc/cron.d/csf_update
rm -v /etc/cron.daily/csget