Estos Comandos se deben ejecutar por SSH en nuestro servidor.
Reparar todas las bases de datos del servidor
mysqlcheck –all-databases -r
Analizar todas las bases de datos del servidor
mysqlcheck –all-databases -a
Optimizar todas las bases de datos del servidor
mysqlcheck –all-databases -o
También podeis poner mysqlcheck basededatos -r para arreglar solo una base de datos o mysqlcheck basededatos tabla -r para arreglar una sola tabla.
FUENTE:http://www.juliorodriguezcruz.com/reparar-analizar-y-optimizar-bases-de-datos-con-mysqlcheck/